Le 22 juin 1941, plus de trois millions de soldats allemands entament l’invasion du territoire soviétique. En quelques semaines, l’occupation des pays baltes et de la partie orientale de la Pologne est effective. Sur quatre millions de Juifs vivants en URSS au début de l’opération, un million et demi fuient et les autres tombent sous le contrôle des forces nazies. Babi Yar marque une étape importante dans le processus d’extermination des Juifs dans l’Union soviétique qu’a été la « Shoah par balles ». La Wehrmacht a en effet l’ordre de conduire durant l’été 1941, en cent jours, une guerre contre l’« ennemi judéo-bolchévique ». La population est alors divisée en trois catégories :
les nationalistes ukrainiens, notamment du OUN de Stepan Bandera dont on recherche la collaboration, notamment dans les actions contre les Juifs et les communistes,
les membres du NKVD et les Juifs que l’on cherche à exterminer,
le reste de la population que l’on va chercher à asservir.